TeyahDLさんの測定結果によると
ギルティパッド<DS4<ファイティングコマンダー4の順で遅延が少なく優秀となっています。
※一番上の2つPS360＋は8分で切断される不具合があるので省略。

次に各基板の利点や欠点などを解説。


DUALSHOCK 4
メリット
・Aランクの入力遅延※1
・タッチパッドボタンを含む全てのボタンを使用可能
・ヘッドホンジャックを取り出すことも可能
・ワイヤレス化も可能
・オフィシャル品なので本体バージョンに関係なくずっと使用可能
・PCでも使用可能（Xinputはツール補助で可能に）
・VitaTVでも使える

デメリット
・ハンダ付けの難易度が高い。
※1 ** The Sony Dual Shock 4 performs worse when other Dual Shock 4s are connected nearby, causing interference. For every additional DS4 activated on the PS4 nearby, delay increases by ~4 ms, and inputs can become delayed by 2 or more frames or drop altogether. Inputs also drop when console is not in direct line of sight to pad. Not recommended for pad hacking. Detailed results available in Excel file on Raw Data page.
teyah.netより引用
近くでDS4を使われると~4ms秒の遅延・入力の取りこぼしが発生。（有線・無線問わず干渉）
要するにDS4を使うパッド使いと相対した際に普段とは違う入力遅延になるので少し厄介なことになる.
TeyahDLさんいわく「DS4の乗っ取りはオススメできない」とのこと

参考
Dual Shock 4 PadHack Thread


ギルティパッド
メリット
・限りなく最速に近いA＋の入力遅延
・分解もハンダ付けも容易
・オフィシャル品なので本体バージョンに関係なくずっと使用可能
・PCでも使用可能

デメリット
・ケーブルが少し細く短い
・R3.L3.タッチパッドなどがない
・ゲームの特典のため入手が少し難しい

参考
非対応アケコンをPS4向けに改造！！　GGXrdパッドを乗っ取りレポート


Hori ファイティングコマンダー4
メリット
・B-の入力遅延でありかなり優秀
・分解もハンダも容易
・L3.R3.連射機能ボタンがある
・オフィシャル品なので本体バージョンに関係なくずっと使用可能
・PCでも使用可能

デメリット
・タッチパッドがない

後継機を使ったレポートですが、ほぼおなじ作りなので下記記事が参考になります。
http://maodasi.ldblog.jp/archives/46378398.html




Hori ファイティングコマンダー（間違えやすいが無印のほうが新型）
メリット
・Bランク相当の優秀な入力遅延
・分解もハンダも容易
・L3.R3.連射機能ボタンがある
・3500円と安く入手可能（1月17日時点のAmazon価格）
・オフィシャル品なので本体バージョンに関係なくずっと使用可能
・PCでも使用可能（Xinput対応）

デメリット
・タッチパッドがない

ここから先は入力遅延については不明。
そのうち暇ができたらテストしてみます。

参考
http://maodasi.ldblog.jp/archives/46378398.html

ホリパッド FPSプラス
メリット
・分解もハンダも容易（タッチパッドだけ少し面倒かも）
・L3.R3.連射.タッチパッドボタンを搭載
・ボタン割り当て変更機能のアサインボタンもあり
・オフィシャル品なので本体バージョンに関係なくずっと使用可能
・PCでも使用可能

デメリット
・特に無し

Mad Catz ファイトパッドプラス
タッチパッドはあるが乗っ取り可能かは現状不明。
予約したので届いたら追記します。


以下はBrook社が開発した自作アケコン向け基盤になります


PS3/PS4 Fighting Board
メリット
・全てのボタンに加え連射・プレイヤーLEDなどもあり。
・非常に小さいのでコンパクトに収まる
・PC(XInput)にも対応

デメリット
・諸々のハンダ付けをいちからやる必要があり大変
・非公式基板なのでPS4本体のアップデートで使用不可、または制限をかけられる可能性あり。


UNIVERSAL FIGHTING BOARD
メリット
・非常に小さいのでコンパクトに収まる
・ほぼ半田不要で結線するだけで組み込める
・PS3, PS4, PC(XInput), Xbox360, Xbox Oneの5機種対応
・L3, R3, タッチパッドボタン,連射機能対応

デメリット
・非公式基板なのでPS4本体のアップデートで使用不可、または制限をかけられる可能性あり。
・約1万円と少し高い

制限をかけられた場合でも基板用のアップデートパッチを配布してくれるので、それでなんとかなることが殆ど（しかしサポートがいつまで続くのかはわかりません）
また、大会直前などに本体アップデートが行われた場合などパッチが間に合わなかったりすると最悪なことにになる可能性も・・・

総評
パッと見、デメリットがないFPSパッドプラスが最強な気もするんですが、本来FPS向けなだけになんだかおススメしにくい。
タッチパッド必須と考えるならファイトパッドかFPSプラス。遅延重視ならギルティパッドでしょう。
値段の安さと入手難度から言えばファイティングコマンダーもいいかも。

面白さだけで言うなら最後の箱系にも対応したBrook基板なんですがデメリットの面を考えると難しいところ。

最後に乗っ取り系アケコン販売について
私が知ってるは2つ（ほかの非公式アケコンの基板は不明）
台湾製の公館スティックと韓国製のメイクスティック。
これらはPS4純正パッド(以下DS4)の基板を取り出し組み込んでいるらしい。
クラウドファンディングのメグバルコンもDS4がベースになっている。

参考
PS4対応アーケードコントローラー/スティック/パッドのまとめ　2016年1月16日更新版



なにか間違っている記載や追記すべき点などありましたらコメントよりお知らせいただけると幸いです。